19世纪之前，比利时境内已存在许多与牧羊犬极为相关的品种。后来，由于守护羊群的需要减少，饲养者将这些牧羊犬配种改良处4种不同颜色被毛的基本犬种，犬迷们把这些犬种认为是同一品种的不同形态。20世纪初以前，比利时牧羊犬在比利时附近被广泛的用来看守羊群。现在则主要被用在军警界，或被酒馆老板用来护身。同时在家庭犬方面也深受喜爱。
美国则把以下三种犬视为各自不同的品种，即比利时牧羊犬黑毛种，杂色毛种和刚毛种。但在美国至今尚未被公认法兰德斯牧牛犬确切起源不得而知。1900年，法兰德斯人曾已拥有数种牧牛犬品种为骄傲。
此犬种于1910年在国际狗展上首次公开亮相，可是品种的规格却是1912才正式确定。第一次世界大战时，此犬在部队里担任传达信息及寻找负伤官兵的任务。然而，由于战时比利时和法国东北部是战场，许多牧牛犬战死沙场，加之国家受到战争的创伤，该品种面临灭绝的危险。1920年，由于法兰德斯的饲养者致力于繁殖工作，才是法兰德斯畜牧犬复兴起来。
原产于比利时，起源于17世纪。祖先来源仍搞不清楚，但是在19世纪佛兰德平原上已经存在一些很出色的种类，直到1965年有三种类型保存下来，最后都并入了一个标准。而该品种的俱乐部早在1922年就已经成立。该犬以勇敢和忠诚而著名。曾参加第一次世界大战，被用来传递信息和寻找救护伤员。曾经作为牧牛犬、警卫犬、守护犬和拖拽犬，也常被用来作为救难犬或传信犬。
